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基因芯片技术服务 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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基因芯片技术服务 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相对定量 TMT标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
一直以来，在单碱基分辨率水平检测m6A存在诸多技术难点。再加上携带m6A的mRNA/lncRNA丰度较低、m6A甲基基团的反应惰性以及m6A附近RNA结构的干扰等因素，使得在单碱基水平检测m6A愈发困难[1]。目前广泛应用的m6A/MeRIP-seq技术利用m6A抗体对携带m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀，然后进行RNA测序，将m6A定位在200 nt范围以内[3, 4]。尽管这些技术使得分析m6A表观转录谱成为可能[5-9]，但它们既不能精确定位MeRIP-Seq peak里实际发生m6A修饰的腺苷酸，也不能对每个修饰位点进行定量[1]。因此，为了进一步深入了解m6A表观转录组学的生物学功能与分子机制，亟待新的技术，能够在单碱基水平确定m6A的修饰状态和修饰比例。为此，Arraystar开发了m6A单碱基分辨率芯片平台，可在单碱基水平定位m6A修饰，并对修饰位点进行定量。
有限的特异性与灵敏度
由于m6A抗体可能与其它类似修饰（比如m6Am）发生交叉反应[4, 5, 11, 12]，因此其反应特异性有限。另外，由于缺少正交实验技术的结果作为独立参考，以m6A抗体为基础的检测技术的灵敏度尚未接受过系统性评估。芯片作为一种抗体非依赖的方法，可满足此类评估需求[5]。
Arraystar解决方案：与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同，芯片利用了RNA酶MazF对m6A的敏感性，首次提供了一种不依赖于抗体的系统性检测m6A的方法。
有限的分辨率
经典的m6A-seq技术可将m6A定位到三碱基至数十碱基的序列窗口内[13, 3, 4, 5]。一些改进方法（比如miCLIP-seq）通过将m6A抗体和其结合的RNA交联，从而在修饰位点附近诱导序列突变或发生截断，可实现近乎单碱基分辨率的检测水平[12, 14]。然而，这些突变或截断类型十分复杂，不同位点之间差异很大，常分散在3~4碱基的序列窗口内[12, 14]。
Arraystar解决方案：对经MazF酶处理的，因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段，以及未经MazF酶处理的Input RNA，进行双色标记，然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交，从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值。
无法进行m6A定量
m6A/MeRIP-seq技术不能对m6A进行定量，无法检测m6A修饰位点的修饰比例。这些信息的缺失严重阻碍了m6A位点的功能探究，以及回答应激条件下m6A如何通过被添加、识别或移除而实现动态调控等问题[7, 15, 16]。
Arraystar解决方案：根据每个被检测位点的双色杂交信号，可以对m6A的修饰比例和丰度进行定量，解决了检测m6A动态变化这个长期未得到满足的需求。
需要大量RNA样本
m6A/MeRIP-seq实验需要大量的RNA样本（> 120 ug总RNA）[3, 4, 12-14]，不适用于来源有限的样本，比如珍贵的临床样本，特别是组织部位或低产量筛选细胞。尽管一些改进方法已大幅减少了m6A/MeRIP-seq实验所需的RNA量[17, 18]，目前尚无方法可在单碱基分辨率水平检测这些限量样本的m6A表达谱。
解决方案：
Arraystar芯片所需的样本量低至1 ug总RNA。MazF酶具有高灵敏度和特异性，对ng或pg级别的微量RNA也能正常发挥功能。由于不包含免疫沉淀步骤，这种方法简单便捷，且所需的RNA量大大减少，适用于稀有样本，珍贵病理样本，尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型样本等。
Arraystar m6A单碱基分辨率芯片与MeRIP-seq技术比较
参考文献
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