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基因芯片技术服务 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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基因芯片技术服务 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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蛋白相对定量 TMT标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
与具有详尽注释的蛋白编码基因不同， lncRNAs常常缺乏注释，信息分散且收集不全。Arraystar拥有高质量的转录组和lncRNA数据库，通过生物信息学方法建立了科学、严谨的lncRNA筛选流程。 Arraystar人类LncRNA V4.0芯片共收录了40,173 个lncRNAs，主要分为两大类：7,506个金标准LncRNAs和32,667个可靠的LncRNAs，实现了对所有权威数据库（如Refseq, USCS Known Genes, GENCODE, lincRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED 等）、高水平文章和超过47 Tb RNA-seq数据中的lncRNA最全面、最可靠和最及时的整理和收集。
金标准lncRNAs
金标准lncRNAs全部采用经过详细注释和实验验证确定的lncRNAs，剔除了公共数据库中大量的lncRNA部分片段、不完整的UTRs和不可靠的lncRNAs。金标准lncRNAs具有完善的信息标注，包括转录单位、转录本异构体、功能机制以及亚细胞定位。它们的主要来源如下：
•lncRNAdb v2.0汇集了功能性 lncRNAs [1]；
•Arraystar 筛选和收集了高水平文章中的lncRNA；
•Level 1 GENCODE v21 精心挑选了具有RT-PCR-seq方面实验数据支持的LncRNAs [2]；
•Refseq 严格筛选了可信度高、具有全长序列的LncRNAs ；
•Arraystar 通过ENCODE CAGE Clusters,，PolyA-seq，深度RNA-Seq以及capture seq获得的，具有5’TSS、3’末端和表达量信息的全部lncRNA转录本 [3, 4]。
可靠的lncRNAs
除了金标准lncRNA外，其他的 lncRNA序列主要通过整合数据库和经典文献中的转录单位（Transcription Units）而获得。DNA链的转录起始于DNA模板的一个特殊起点，并在一个终点处终止，此转录区域称为转录单位。根据转录本长度、来源数据库和其他有效信息，每个转录单位挑选一个最具代表性的lncRNA进行检测。最终从308,525个lncRNA序列中筛选出32,667个可靠的 LncRNAs分子。
相关服务
nrStarTM Human Functional LncRNA PCR芯片技术服务
参考文献
1. Quek X.C. et al. （2015） Nucleic Acids Res. 43（Database issue）:D168-73 [PMID: 25332394]
2. Howald C. et al. （2012） Genome Res. 22（9）:1698-710 [PMID: 22955982]
3. Clark M.B. et al. （2015） Nat. Methods 12（4）:339-42 [PMID: 25751143]
4. Iyer M.K. et al. （2015） Nat. Genet. 47（3）:199-208 [PMID: 25599403]
