最全面、可靠的超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）收录，可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA-康成生物丨数谱生物

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最全面、可靠的超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）收录，可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

1. SE-lncRNA芯片收录策略

l lncRNA信息来自Arraystar公司专有的高质量的转录组与lncRNA数据库

- 收集整理了Refseq, UCSC knownGene, GENCODE, lncRNAdb, RNAdb, NRED和lncRNA Catalogs等权威数据库中的lncRNA

- 收集了注释完善、经过实验验证和有Pubmed索引的“金标准”lncRNA

- 收集了权威期刊上新出现的lncRNA

超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库
Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA

图1.Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图。

2. SE-lncRNA芯片Database

芯片	Arraystar人 SE-lncRNA Microarray	Arraystar小鼠 SE-lncRNA Microarray
探针总数	14873	14637
探针长度	60 nt	60 nt
探针特异性	转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计	转录本特异性探针，针对SE-lncRNA特异外显子或剪接位点设计
SE-lncRNAs& Super-lncRNAs 检测数目	7753	8222
SE-lncRNAs靶基因检测数目	7040	6385
SE-lncRNAs来源	- 从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。 - 从文献收集增强子lncRNA，若该增强子位于超级增强子区，则被认为是SE-lncRNA。	从Arraystar专有的转录组数据库挑选“金标准”lncRNA和可靠性高的lncRNA，然后与dbSUPER数据库中的超级增强子区域进行匹配。与超级增强子区域重叠的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。
Super-lncRNAs来源	Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。	-
SE-lncRNAs靶基因来源	与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的3153个转录因子基因与来自Bushman Lab数据库中的1448个癌症相关基因。	与SE-lncRNA基因组位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的Refseq基因被收集为SE-lncRNA靶基因。此外还包含了来自TF checkpoint数据库中的2883个转录因子基因与来自SBCDDB数据库中的593个癌症相关基因。

图2.Arraystar公司Human SE-lncRNA芯片内容。

图3.Arraystar公司Mouse SE-lncRNA芯片内容。

最全面、可靠的超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）收录，可同时检测SE-lncRNA和靶基因mRNA

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