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基因芯片技术服务 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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基因芯片技术服务 DNA甲基化芯片 DNA羟甲基化芯片 ChIP-chip |
NGS测序技术服务 DNA甲基化测序 DNA羟甲基化测序 染色质免疫共沉淀测序 |
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蛋白相对定量 TMT标记定量技术 非标定量技术 |
蛋白修饰 TMT标记定量磷酸化 非标定量磷酸化 |
RNA/蛋白-蛋白相互作用 RNA-蛋白相互作用 蛋白-蛋白相互作用 |
Arraystar超级增强子lncRNA (SE-lncRNA) 芯片创新性地同时收录SE-lncRNA及其靶基因，并为深入研究SE-lncRNA提供详尽参考信息。已有研究表明，SE-lncRNA在肌肉、心脏和红细胞的发育过程，以及癌症、心肌梗死等疾病中发挥重要功能。Arraystar公司为每个SE-lncRNA提供全面详尽的注释以便于交叉引用，帮助您深入了解SE-lncRNA的生物学功能。
邻近靶基因信息
SE-lncRNA常通过顺式作用调控邻近基因的表达，是其最主要的作用机制之一。比如，Hand2是控制成纤维细胞向心肌细胞分化的核心转录因子之一，其表达受到邻近SE-lncRNA Uph的调节[1]；从MYC上游的超级增强子区域转录出的SE-LncRNA CCAT1-L介导Myc启动子区与增强子区之间的染色体成环过程，从而调控MYC基因表达[2]；转录因子MyoD基因上游的超级增强子区所转录的SE-lncRNA可招募染色体重构因子、促进RNA聚合酶II与MyoD启动子区结合[3]。Arraystar提供与SE-lncRNA基因位置重叠或在其转录起始位点50 Kb以内的基因信息，可帮助研究人员快速找到受SE-lncRNA调控的潜在靶基因。
图1. SE-lncRNA与其邻近基因示例。SE-lncRNA Uph与邻近基因Hand2（上）[1]；SE-lncRNA CCAT1-L与邻近基因MYC（中）[2]；SE-lncRNACERNA与邻近基因MyoD1（下）[3]。
图2.SE-lncRNA参与调控邻近基因表达。MyoD是肌细胞生成过程中的一种核心转录因子，能与其它核心转录因子一起调控肌细胞分化过程中的基因表达。在肌细胞分化信号的刺激下，MyoD基因上游的超级增强子区域中的核心增强子元件（CE）可转录产生SE-lncRNA——CERNA。CERNA招募染色体重构因子，打开致密的染色体结构，使得RNA聚合酶II（RNAPII）与MyoD启动子区结合，从而促进MyoD基因的表达。不仅如此，MyoD转录因子还能进一步促进CERNA转录，形成正反馈调节[3, 4] 。
Super-lncRNA
Super-lncRNA是指与超级增强子区域形成RNA:DNA:DNA三螺旋的lncRNA，可招募调控因子至超级增强子区，从而影响染色体结构，并作为空间放大器，促进超级增强子相关的组织特异性基因表达。多数Super-lncRNA都转录自超级增强子区域，因此，许多SE-lncRNA都具有super-lncRNA的功能。这些注释将为此类SE-lncRNA研究提供非常可行的探索方向。
亚细胞定位
lncRNA的功能机制与其细胞中的位置密切相关，比如位于细胞核或染色体的lncRNA常参与表观遗传调控，而细胞质中的lncRNA具有调控翻译、吸附miRNA等功能。因此，SE-lncRNA的亚细胞定位信息对于推测SE-lncRNA的功能机制具有很大帮助。
组织或细胞特异性
超级增强子呈现严格的组织或时序特异性，与其调控组织特异性的基因表达紧密关联。超级增强子区域的转录是其处于激活状态的显著标志之一，不仅如此，来源于超级增强子的SE-lncRNA还通过多种方式协助完成超级增强子的基因调控功能。SE-lncRNA的细胞谱系特异性可为研究其功能提供非常有效的信息。
癌症或疾病相关SE-lncRNA
包含了Lnc2Cancer数据库中收录的SE-lncRNA与癌症的关联信息，以及LncRNADisease数据库中收录的SE-lncRNA与人类疾病的关联信息。
参考文献
1. Anderson KM et al: Transcription of the non-coding RNA upperhand controls Hand2 expression and heart development. Nature 2016, 539(7629):433-436.[PMID: 27783597]
2. Xiang JF et al: Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Res 2014, 24(5):513-531.[PMID: 24662484]
3. Mousavi K et al: eRNAs promote transcription by establishing chromatin accessibility at defined genomic loci. Mol Cell 2013, 51(5):606-617.[PMID: 23993744]
4. Shiekhattar R: Opening the Chromatin by eRNAs. Mol Cell 2013, 51(5):557-558.[PMID: 24034693]
