CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者!

CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者!

      —— 全新推出DRIP-Seq,把握R-Loop研究的新方向!


R -loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构。R -loop分布广泛,占哺乳动物基因组的 5%,经常出现在基因组的启动子CGI和转录终止位点。已有研究表明,R -loop在调节基因表达、DNA 复制以及 DNA 和组蛋白修饰等方面均发挥着重要作用,具有重要的生物学功能。


Nat Genetics (IF 38.33): Antisense lncRNA通过形成R-loop影响coding RNA转录

Antisense lncRNA是与coding RNA转录方向相反转录位置部分重合的长链非编码RNA,通常可以顺式调控临近coding RNA的转录2019Nature Genetics发表的文章发现,antisense lncRNA TARID通过形成R-loop影响临近coding RNA TCF21启动子去甲基化进而调控TCF21表达和癌症进程

TCF21是与一种抑癌基因,在多种癌症中表达下调它具有头对头反义lncRNA TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)TARID转录过程会TCF21启动子附近形成R-loop,被R-loop识别蛋白GADD45a结合GADD45a进而招募去甲基化酶TET1促进DNA去甲基化来增强TCF21转录影响细胞周期

 

Antisense lncRNA TARID通过形成R-loop调控TCF21启动子DNA去甲基化及转录

 


DRIP-seq全新发布!

DRIP-seqDNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing利用特异性识别DNA:RNA杂合链的S9.6抗体对包含R-loop结构的 DNA 链进行富集后续通过DNA测序来实现 R-loop分析,侧重于通过NGS在基因组水平上检测R-loops结构的分布,并通过生物信息学分析在不同的领域从中挖掘出更多有用的信息。

 

DRIP-seq优势

严格的质控体系:设置阴性对照组和阳参,以控制文库质量。

稳定性高:实验操作稳定性高,减少实验操作带来的误差。

灵活度高:能够直接对有基因组信息的物种进行R-loop测序。

提供数据可视化,丰富的注释信息与文章发表级别的图谱