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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序（DRIPc-seq） |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序（eccDNA测序） |
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Ribo-seq Ribo seq（ribosome profiling） |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
RNA转录后修饰，比如m6A, m1A, m5C, 和假尿嘧啶（Ψ）修饰，共同组成了表观转录组，是一种新层次的基因表达调控方式。m6A是mRNA和lncRNA上含量最丰富的修饰之一，在转录后各个水平影响mRNA/lncRNA 的代谢和功能。此外，m6A还参与了其它ncRNA的功能，包括circRNA非帽依赖的翻译起始，和pri-miRNA的加工过程。
RNA修饰的潜在功能不仅取决于其所修饰的是何种基因转录本，同时也取决于被修饰部分在该转录本中所占的百分比。然而，目前大部分转录组水平的的RNA修饰检测方法着重于寻找转录本上的修饰位点，不能够定量地检测被修饰转录本的百分比。这一类定量信息的缺乏已引起越来越多科研工作者的关注。
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科学家最关注的问题 “mRNA修饰的潜在影响既取决于其分子效应，也取决于被修饰转录本的百分比。例如，一种可以加速mRNA降解的修饰，如果只有1%的转录本被修饰，显然不太可能产生任何生物功能，然而当一种修饰可以促使mRNA翻译成新的蛋白亚型时，即使修饰水平很低，也可能产生重要的生物功能。当前的m6A和Ψ检测方法局限性在于缺乏修饰程度的定量信息。m6A的调控作用可以通过pulldown m6A的方法，检测特定序列在不同状态下的相对富集程度进行推断，但不能从这些数据中获得被修饰mRNA的绝对量。新的可定量m6A和Ψ的高通量检测方法，将极大的促进该领域的发展。 [1] Wendy V. Gilbert, Tristan A. Bell, Cassandra Schaening. Science (2016)
另一个重要的问题是阐明RNA修饰的化学计量的动态变化。目前，表观转录组学研究的重点大多是哪些位点被修饰，而不是RNA中每个被修饰位点的占比。低通量分析mRNA和病毒RNA的m6A修饰位点显示，任何m6A修饰位点的占比都不会达到100%。修饰的化学计量变化可能是一种RNA生物学修饰的动态变化参数。修饰可以影响mRNA的结构，和（或）对RBPs的招募。任何特殊位点的修饰，会导致同一mRNA群体仅仅由于结构或是结合reader的不同，分为两个mRNA亚群。因此，改变修饰的化学计量数，可能是同一个RNA转录本行使不同功能的一种机制。目前急需可以检测修饰化学计量数的高通量方法，以阐明表观转录组学在这一方面的问题。 [4] Cole J.T. Lewis, Tao Pan, Auinash Kalsotra. Nat Rev Mol Cell Biol (2017) |
Arraystar 表观观转录组芯片结合了双荧光通道芯片技术与RNA修饰免疫共沉淀技术，在转录本水平对RNA修饰进行定量检测。定量的表观转录组图谱可为RNA修饰调控研究提供重要信息。
参考文献
1. Gilbert WV, Bell TA, Schaening C: Messenger RNA modifications: Form, distribution, and function. Science 2016, 352(6292):1408-1412.[PMID: 27313037]
2. Yang Y et al: Extensive translation of circular RNAs driven by N(6)-methyladenosine. Cell Res 2017, 27(5):626-641.[PMID: 28281539]
3. Alarcon CR et al: HNRNPA2B1 Is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events. Cell 2015, 162(6):1299-1308.[PMID: 26321680]
4. Lewis CJ, Pan T, Kalsotra A: RNA modifications and structures cooperate to guide RNA-protein interactions. Nat Rev Mol Cell Biol 2017, 18(3):202-210.[PMID: 28144031]
5. Qin Y et al: TRIM9 short isoform preferentially promotes DNA and RNA virus-induced production of type I interferon by recruiting GSK3beta to TBK1. Cell Res 2016, 26(5):613-628.[PMID: 26915459]
相关服务
Arraystar mRNA&lncRNA表观转录组芯片技术服务
