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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS/AP-MS |
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NGS测序技术服务 DRIPc-seq |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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NGS测序技术服务 DNA（羟）甲基化测序（抗体法） DNA甲酰基胞嘧啶(5fc)修饰测序 DNA 5hmC 测序（化学法） 染色质免疫共沉淀测序 |
PCR技术服务 MeDIP-qPCR hMeDIP-qPCR ChIP-qPCR |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
m6A 是 mRNA 表观转录组学中最主要的修饰之一。与之类似，在lncRNA和circRNA表观转录组中， m6A 也是丰度高、分布广，并且功能重要的转录后修饰 (图 1) [1, 2]。
图 1. (A) 含有 m6A、 m5C 或 修饰的lncRNA 转录本数量。 (B) lncRNA m6A 修饰特征及 m6A motif。
“m6A 转换器”
lncRNAs 的m6A 修饰 可以发挥 “m6A 转换器”功能，m6A 修饰减弱了颈环结构中的序列互补配对， 开放poly-U5 区域与hnRNP-C 结合(图 2)[3,4]。 m6A转换器机制是 YTH-domain家族以外识别蛋白的通用机制，比如 hnRNPs 识别蛋白不是直接结合m6A 修饰位点，而是与临近5个连续的U序列（poly-U） 结合 。 目前，已发现的m6A 转换器有39,000种。 对 lncRNA-Malat1而言， m6A 转换器影响RNA 剪切及丰度，从而调控细胞周期及肺癌的进展。
m6A 调控lncRNAs 的功能发挥
LncRNA m6A 修饰结合识别蛋白，比如YTH蛋白，可以直接影响 lncRNA 分子功能。 例如， lncRNA XIST 被 METTL3、WTAP、 RBM15/15B 甲基化酶添加上m6A修饰后，识别蛋白YTH-DC1通过 招募染色质沉默复合物，使X染色体凝缩并失活。
很多细胞质中的lncRNAs 可以充当竞争性内源RNAs（ceRNAs），竞争性吸附miRNA，抑制miRNA对下游靶基因的沉默[6]。 对linc1281研究发现，m6A修饰的存在对于 microRNA let-7 与其m6A位点的有效结合是必须的(图 4)。含有m6A修饰的 linc1281，通过结合miRNA let-7，保护了原被let-7靶向沉默的mRNA LIN28，上调的mRNA LIN28会进一步促进细胞分化 [7]。
m6A 可以作为RNA 降解的表观标志
与mRNA类似，m6A修饰可作为 lncRNAs降解或者快速转化的标志。比如， 在对树突状细胞的研究中发现， lncRNA Dpf-3的两个m6A 修饰位点可以导致它的降解及表达的下调 (图 5) [8]， 进而解除lncRNA Dpf-3对HIF-1的抑制，最终导致树突状细胞转移至淋巴结，产生免疫应答。而当趋化因子 CCL19/21 激活下游受体 CCR7 ， lnc-Dpf3甲基化水平下调，树突状细胞的免疫应答终止。
参考文献
[1] Jacob R, et al. (2017) Int J Mol Sci [PMID: 29125541]
康成生物丨数谱生物 非编码RNA m6A修饰研究解决方案
RNA m6A修饰表达谱检测——Arraystar表观转录组芯片
不仅能在转录本水平上对m6A修饰进行定量，还能检测每个转录本修饰亚群和非修饰亚群的百分比
（1）mRNA&lncRNA 表观转录组芯片：适用于mRNA、lncRNA、pre-miRNA, pri-miRNA, snoRNA, 和 snRNA；total RNA要求量可低至1ug。
（2）CircRNA 表观转录组芯片：适用于circRNA m6A检测；total RNA要求量可低至3ug。
lncRNA m6A 甲基化PCR验证：
（1）转录本水平验证lncRNA 的m6A 修饰：m6A抗体富集发生m6A修饰RNA（RNA不作片段化处理） + lncRNA转录本特异性PCR检测
（2）基于MazF 酶处理的lncRNA m6ACA位点检测：lncRNA m6ACA位点预测 + MazF酶处理 + m6ACA位点PCR检测
circRNA m6A 甲基化PCR验证：
（1）环状RNA m6A 修饰验证：m6A抗体富集发生m6A修饰的RNA + RNase RNA消化线性RNA，保留circRNA +circRNA反向接合位点设计引物
（2）基于MazF 酶处理的circRNA m6ACA位点检测：circRNA m6ACA位点预测 + RNase R去线性RNA + MazF酶处理 + m6ACA位点PCR检测
