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单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序（lncRNA&mRNA） 单细胞测序 |
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核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量 TMT标记定量 PRM靶向定量 |
浙江大学医学院附属邵逸夫医院李恭会课题组发表了题为“Circ-AKT3 inhibits clear cell renal cell carcinoma metastasis via altering miR-296-3p/E-cadherin signals.”的文章。该研究应用Arraystar circRNA芯片发现并锁定了一个在肾透明细胞癌（ccRCC）中显著下调的环状RNA circ-AKT3。敲低circ-AKT3能促进了ccRCC的迁移和侵袭，而circ-AKT3的过表达则抑制ccRCC的转移。此外，circ-AKT3通过circ-AKT3 / miR-296-3p / E-cadherin的作用轴抑制ccRCC转移。因此，Circ-AKT3可以作为一种更好地抑制ccRCC转移新型疗法靶标。该研究成果发表在学术期刊Molecular Cancer（IF: 10.679）（芯片实验由康成生物提供技术服务）。
研究背景
肾细胞癌是世界上最常见的恶性肿瘤之一，大约60-70% 的肾细胞癌为肾透明细胞癌。肾癌转移是预后不良的重要原因，有证据表明上皮间质转化（EMT）过程增加癌细胞的迁移和侵袭，而肾透明细胞癌中EMT的小分子及circRNA调控网络机制仍不清楚。因此，深入了解miRNA 及circRNA 调节因子对转移进程的影响，可能有助于阐明 ccRCC 的发病机制。
技术路线
研究思路
作者应用Arraystar Human circRNA芯片分析3对与癌旁正常组织配对的 ccRCC 组织样本，发现53个 circRNAs 在 ccRCC 组织显著上调，30个 circRNAs 显著下调。挑选差异前十的circRNA进行PCR验证，circ-AKT3在癌样本显著下调，与芯片趋势一致。进一步验证，ccRCC 组织和细胞系中的 circ-AKT3减少，并可能与确诊时的恶性程度呈负相关。
在细胞系中敲低或者过表达circ-AKT3,发现其通过抑制 ccRCC 细胞的迁移和侵袭而发挥保护作用。 检测与肿瘤细胞转移相关的基因，发现E-cadherin表达受到circ-AKT3的调控，且表达正相关。 利用在线生物信息学数据库(TargetScan 和 miRanda) ，筛选4个circ-AKT3 和 E-cadherin 共同结合的miRNA。
RNA pull down, Ago-RIP等实验验证circ-AKT3竞争性结合miR-296-3p。肾癌细胞中进行Transwell功能回复实验，miR-296-3p 过表达显著抑制E-cadherin的表达促进了 OSRC-2细胞的迁移和侵袭，可以通过过表达 circ-AKT3来挽救。荧光素酶报告载体构建 circ-AKT3的野生型和突变型序列，分析miRNA的结合位点。小鼠体内过表达circ-AKT3上调E-cadherin，有效地抑制了 ccRCC 的转移。
结果展示
图一：Arraystar circRNA芯片结果展示A.散点图；B.聚类图
图二：A.circAKT3促进细胞迁徙及侵袭; B. E-cadherin在癌症样本中下调; C. Ago RIP 验证circRNA 与miR-296-3p结合
图三：A. 回复实验验证circRNA与miRNA的调控; B. 小鼠实验验证circAKT3的功能
图四：circ-AKT3调控模式图
研究意义
本研究通过Arraystar Human circRNA芯片发现了一个新的来源于 AKT3基因位点的 circRNA，命名为 circ-AKT3，在 ccRCC 组织样本和细胞系中稳定下调。 功能检测表明，cox-3与 ccRCC 细胞的转移呈负相关。机制研究表明，circ-AKT3可能作为 miR-296-3p 的海绵，上调 E-cadherin 的表达，从而抑制 ccRCC 的体外迁移和侵袭以及体内转移，可作为肿瘤转移抑制的治疗靶点。
原文出处
Circ-AKT3 inhibits clear cell renal cell carcinoma metastasis via altering miR-296-3p/E-cadherin signals. Mol Cancer. 2019
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